HNK Rijeka został założony w 1946 roku, nieformalnie często uważany jest za kontynuatora włoskiego klubu Unione Sportiva Fiumana, działającego w latach 1926-1945. Rijeka przejęła stadion Kantrida i wielu zawodników.
W sezonie 1946/1947, HNK Rijeka wystąpili w 1. Lidze Jugosławii, z której spadli po sezonie. W 1. lidze Jugosławii klub grał jeszcze w okresach 1958-1969 i 1974-1991. Wielkim sukcesem klubu w niepodległej Chorwacji było mistrzostwo kraju wywalczone w 2017 roku. Klub doskonale radził sobie w europejskich pucharach, w edycji 1979/1980 dotarł do 1/4 finału Pucharu Zdobywców Pucharów.
W Rijece grało wielu dobrych zawodników m.in. Renato Pilipović, który zaistniał później w Dinamie Zagrzeb. W tym miejscu należy wspomnieć o Alenie Haliloviciu, który występował także m.in. w AC Milan, Hamburger SV i FC Barcelonie. Swego czasu o Haliloviciu mówiło się jako o "chorwackim Messim".
HNK Rijeka ma bardzo żywiołowo dopingujące piłkarzy grupy kibicowskie, m.in. "Armadę", której symbolem jest rekin. Hasła kibiców HNK Rijeka to:
- Sami protiv svih, co znaczy: Sami przeciwko wszystkim
- Krepat, ma ne molat, co znaczy: Zgiń, ale nie pozostań obojętny
"Armada" jako największego przeciwnika traktuje ultrasów GNK Dinamo Zagrzeb, "Bad Blue Boys".
